Banks sinh tại Waltham, Massachusetts, con đầu lòng của ông Nathaniel P. Banks, Sr., và bà Rebecca Greenwood Banks. Banks học trường làng và từ bé đã đi làm tại xưởng dệt, chuyên lượm nhặt các cuộn chỉ (tiếng Anh: bobbin) do đó ông có được biệt hiệu Bobbin Boy Banks. Sau đó, Banks làm thợ máy, biên soạn báo chí và học luật. Ông đỗ bằng luật sư khi 23 tuổi. Banks có giọng nói lớn, giỏi biện thuyết trước công chúng. Ngày 11 tháng 4 1847 ông cưới vợ là Mary Theodosia Palmer.